Thông tư 99/2025/TT-BTC ban hành chế độ kế toán doanh nghiệp mới, áp dụng từ năm tài chính 2026 với nhiều thay đổi liên quan đến hệ thống tài khoản, chứng từ, báo cáo tài chính và quy trình kiểm soát dữ liệu.
Bài viết này sẽ hướng dẫn chi tiết cách doanh nghiệp triển khai Thông tư 99 theo công văn 1296 một cách hiệu quả, từ việc rà soát hệ thống kế toán hiện tại, chuẩn hóa quy trình hạch toán, cập nhật phần mềm cho đến tổ chức đào tạo nhân sự. Qua đó giúp doanh nghiệp chủ động chuyển đổi và tuân thủ đúng chuẩn mực kế toán mới.

1. Triển khai thực hiện Thông tư 99/2025/TT-BTC về chế độ kế toán doanh nghiệp theo Công văn 1296
Ngày 12/11/2025, Thuế tỉnh Vĩnh Long đã có Công văn 1296/VLO-NVDTPC năm 2025 về việc triển khai thực hiện Thông tư 99/2025/TT-BTC về chế độ kế toán doanh nghiệp.
Theo đó, Thuế tỉnh Vĩnh Long triển khai một số nội dung cơ bản thực hiện Thông tư 99/2025/TT-BTC đến quý Doanh nghiệp trên địa bàn tỉnh, như sau:
(i) Về phạm vi điều chỉnh: Thông tư hướng dẫn về chứng từ kế toán, tài khoản kế toán, ghi sổ kế toán, lập và trình bày Báo cáo tài chính của doanh nghiệp. Việc xác định nghĩa vụ thuế của doanh nghiệp đối với Ngân sách nhà nước được thực hiện theo quy định của pháp luật về thuế.
(ii) Về đối tượng áp dụng: Thông tư hướng dẫn kế toán áp dụng cho các doanh nghiệp thuộc mọi lĩnh vực, mọi thành phần kinh tế; Các tổ chức tín dụng, chi nhánh ngân hàng nước ngoài thực hiện chế độ kế toán hoặc văn bản quy phạm pháp luật về kế toán theo hướng dẫn của Ngân hàng Nhà nước Việt Nam.
(iii) Về hệ thống biểu mẫu chứng từ kế toán: Doanh nghiệp áp dụng biểu mẫu chứng từ kế toán tại Phụ lục I Thông tư 99/2025/TT-BTC.
Trường hợp doanh nghiệp áp dụng biểu mẫu khác với biểu mẫu hướng dẫn tại Phụ lục I Thông tư 99/2025/TT-BTC thì phải đảm bảo tuân thủ quy định tại Điều 16 Luật Kế toán 2015 và phải phản ánh đầy đủ, kịp thời, trung thực, minh bạch, dễ kiểm tra, kiểm soát và đối chiếu được tài sản, nguồn vốn của doanh nghiệp.
(iv) Về hệ thống tài khoản kế toán: Doanh nghiệp áp dụng hệ thống tài khoản kế toán tại Phụ lục II Thông tư 99/2025/TT-BTC.
Trường hợp doanh nghiệp áp dụng khác hệ thống tài khoản kế toán tại Phụ lục II Thông tư 99/2025/TT-BTC thì phải đảm bảo phân loại và hệ thống hóa được các nghiệp vụ phát sinh theo nội dung kinh tế, không trùng lặp đối tượng, tuân thủ các nguyên tắc kế toán theo quy định và không được làm thay đổi hoặc ảnh hưởng đến các chỉ tiêu, thông tin trình bày trên Báo cáo tài chính. Doanh nghiệp có trách nhiệm ban hành Quy chế hạch toán kế toán (hoặc các tài liệu tương đương) về các nội dung sửa đổi, bổ sung để làm cơ sở thực hiện.
(v) Về sổ kế toán: Doanh nghiệp tham khảo để áp dụng biểu mẫu sổ kế toán tại Phụ lục III Thông tư 99/2025/TT-BTC.
Trường hợp doanh nghiệp áp dụng khác biểu mẫu sổ kế toán tại Phụ lục III Thông tư 99/2025/TT-BTC thì phải đảm bảo tuân thủ quy định tại các khoản 1, 2, 3, 4 Điều 24 Luật Kế toán 2015 và phải phản ánh đầy đủ, kịp thời, trung thực, minh bạch, dễ kiểm tra, kiểm soát, đối chiếu được tài sản, nguồn vốn của doanh nghiệp. Doanh nghiệp có trách nhiệm ban hành Quy chế hạch toán kế toán (hoặc các tài liệu tương đương) về các nội dung sửa đổi, bổ sung để làm cơ sở thực hiện.
Trên đây là nội dung hướng dẫn triển khai thực hiện Thông tư 99/2025/TT-BTC về chế độ kế toán doanh nghiệp theo Công văn 1296/VLO-NVDTPC năm 2025.
>> Xem chi tiết: Thông tư 99/2025/TT-BTC: Những điểm mới kế toán doanh nghiệp cần nắm
2. Hệ thống biểu mẫu chứng từ kế toán theo Thông tư 99/2025/TT-BTC
Ngày 27/10/2025, Bộ trưởng Bộ Tài chính ban hành Thông tư 99/2025/TT-BTC quy định chế độ kế toán doanh nghiệp thay thế Thông tư 200/2014/TT-BTC.
Căn cứ Điều 9 Thông tư 99/2025/TT-BTC, quy định hệ thống biểu mẫu chứng từ kế toán như sau:
(i) Doanh nghiệp tham khảo để áp dụng biểu mẫu hệ thống chứng từ kế toán tại Phụ lục I ban hành kèm theo Thông tư 99/2025/TT-BTC
(ii) Trường hợp để phù hợp với đặc điểm hoạt động sản xuất kinh doanh và yêu cầu quản lý, doanh nghiệp được thiết kế thêm hoặc sửa đổi, bổ sung biểu mẫu chứng từ kế toán so với biểu mẫu hướng dẫn tại Phụ lục I ban hành kèm theo Thông tư 99/2025/TT-BTC.
Biểu mẫu chứng từ kế toán của doanh nghiệp khi thiết kế thêm hoặc sửa đổi, bổ sung phải đảm bảo tuân thủ quy định tại Điều 16 Luật Kế toán 2015 và phải phản ánh đầy đủ, kịp thời, trung thực, minh bạch, dễ kiểm tra, kiểm soát và đối chiếu được tài sản, nguồn vốn của doanh nghiệp.
Khi thiết kế thêm hoặc sửa đổi, bổ sung về biểu mẫu chứng từ kế toán thì doanh nghiệp có trách nhiệm ban hành Quy chế hạch toán kế toán (hoặc các tài liệu tương đương) về các nội dung sửa đổi, bổ sung để làm cơ sở thực hiện. Quy chế phải nêu rõ sự cần thiết của việc sửa đổi, bổ sung đó và trách nhiệm của doanh nghiệp trước pháp luật về các nội dung đã sửa đổi, bổ sung.
Trường hợp doanh nghiệp không thiết kế thêm hoặc sửa đổi, bổ sung về biểu mẫu chứng từ kế toán thì áp dụng hệ thống chứng từ kế toán hướng dẫn tại Phụ lục I ban hành kèm theo Thông tư 99/2025/TT-BTC
(iii) Doanh nghiệp có phát sinh các chứng từ thuộc đối tượng điều chỉnh của pháp luật khác thì chứng từ kế toán phải thực hiện theo quy định của pháp luật đó.
Trên đây là quy định hệ thống biểu mẫu chứng từ kế toán theo Thông tư 99/2025/TT-BTC.
Lưu ý: Thông tư 99/2025/TT-BTC có hiệu lực thi hành kể từ ngày 01/01/2026 và áp dụng cho năm tài chính bắt đầu từ hoặc sau ngày 01/01/2026.
>> Xem thêm: Kế toán cần chuẩn bị gì để áp dụng Thông tư 99/2025/TT-BTC
3. Kết luận
Thông tư 99/2025/TT-BTC mang đến nhiều thay đổi quan trọng trong chế độ kế toán, từ hệ thống tài khoản, chứng từ đến cách trình bày báo cáo tài chính. Điều này đòi hỏi doanh nghiệp phải rà soát lại toàn bộ quy trình kế toán, đảm bảo dữ liệu chính xác và tuân thủ đúng quy định mới khi áp dụng từ năm 2026.

Để giảm rủi ro sai sót và chuẩn hóa hệ thống theo Thông tư 99, doanh nghiệp có thể triển khai giải pháp quản trị tài chính doanh nghiệp giúp tự động hóa hạch toán, đối chiếu số liệu và lập báo cáo tài chính nhanh chóng, nhất quán và đúng chuẩn mực. Đây là nền tảng hỗ trợ doanh nghiệp chuyển đổi kế toán hiệu quả và vận hành minh bạch hơn.