Hướng dẫn khai bổ sung thuế GTGT đầu vào bị sai sót mới nhất 2025 - ASOFT-ERP

Sai sót thuế GTGT đầu vào là tình huống phổ biến mà nhiều doanh nghiệp gặp phải khi kê khai, đặc biệt trong bối cảnh hóa đơn điện tử phát sinh với số lượng lớn mỗi kỳ. Việc khai bổ sung thuế GTGT đầu vào cần được thực hiện đúng quy trình để tránh ảnh hưởng đến số thuế phải nộp, khoản được khấu trừ và hạn chế rủi ro khi cơ quan thuế kiểm tra.

Bài viết này hướng dẫn chi tiết cách khai bổ sung thuế GTGT đầu vào sai sót theo quy định mới nhất năm 2025, bao gồm cách xác định lỗi, nguyên tắc điều chỉnh và trình tự nộp tờ khai bổ sung trên hệ thống thuế điện tử.

1. Hướng dẫn khai bổ sung thuế GTGT đầu vào bị sai sót mới nhất 2025?

Căn cứ khoản 6 Điều 23 Nghị định 181/2025/NĐ-CP quy định về khấu trừ thuế giá trị gia tăng như sau:

Khấu trừ thuế giá trị gia tăng

…

Trường hợp cơ sở kinh doanh phát hiện số thuế giá trị gia tăng đầu vào khi kê khai, khấu trừ bị sai, sót thì được khai thuế trước khi cơ quan thuế, cơ quan có thẩm quyền công bố quyết định kiểm tra thuế, thanh tra thuế như sau:
a) Người nộp thuế thực hiện khai bổ sung vào tháng, quý phát sinh số thuế giá trị gia tăng đầu vào bị sai, sót nếu việc khai thuế vào tháng, quý phát sinh số thuế giá trị gia tăng đầu vào bị sai, sót làm tăng số thuế phải nộp hoặc giảm số thuế được hoàn của tháng, quý đó; người nộp thuế phải nộp đủ số tiền thuế phải nộp tăng thêm hoặc bị thu hồi số tiền thuế đã được hoàn tương ứng và nộp tiền chậm nộp vào ngân sách nhà nước (nếu có).
b) Người nộp thuế thực hiện khai vào tháng, quý phát hiện sai, sót nếu việc khai thuế được thực hiện vào tháng, quý phát sinh thuế giá trị gia tăng đầu vào bị sai, sót làm giảm số tiền thuế phải nộp hoặc chỉ làm tăng hoặc giảm số thuế giá trị gia tăng còn được khấu trừ chuyển sang tháng, quý sau.

…

Theo quy định trên, trường hợp cơ sở kinh doanh phát hiện số thuế giá trị gia tăng đầu vào khi kê khai, khấu trừ bị sai, sót thì được khai thuế trước khi cơ quan thuế, cơ quan có thẩm quyền công bố quyết định kiểm tra thuế, thanh tra thuế như sau:

(1) Người nộp thuế thực hiện khai bổ sung vào tháng, quý phát sinh số thuế giá trị gia tăng đầu vào bị sai, sót nếu việc khai thuế vào tháng, quý phát sinh số thuế giá trị gia tăng đầu vào bị sai, sót làm tăng số thuế phải nộp hoặc giảm số thuế được hoàn của tháng, quý đó; người nộp thuế phải nộp đủ số tiền thuế phải nộp tăng thêm hoặc bị thu hồi số tiền thuế đã được hoàn tương ứng và nộp tiền chậm nộp vào ngân sách nhà nước (nếu có).

(2) Người nộp thuế thực hiện khai vào tháng, quý phát hiện sai, sót nếu việc khai thuế được thực hiện vào tháng, quý phát sinh thuế giá trị gia tăng đầu vào bị sai, sót làm giảm số tiền thuế phải nộp hoặc chỉ làm tăng hoặc giảm số thuế giá trị gia tăng còn được khấu trừ chuyển sang tháng, quý sau.

>> Xem thêm:

2. Mã thủ tục hành chính khai bổ sung hồ sơ khai thuế là gì?

Căn cứ Điều 1 Quyết định 1474/QĐ-BTC năm 2025 công bố Danh mục 949 thủ tục hành chính thuộc phạm vi chức năng quản lý của Bộ Tài chính, cụ thể như sau:

Công bố kèm theo Quyết định này Danh mục 949 thủ tục hành chính thuộc phạm vi chức năng quản lý của Bộ Tài chính, cụ thể:

Lĩnh vực hải quan: 225 thủ tục hành chính.
Lĩnh vực thuế: 219 thủ tục hành chính.
Lĩnh vực chứng khoán: 104 thủ tục hành chính.
Lĩnh vực phát triển doanh nghiệp tư nhân và kinh tế tập thể: 95 thủ tục hành chính.
Lĩnh vực đầu tư tại Việt Nam: 58 thủ tục hành chính.
Lĩnh vực kinh doanh bảo hiểm: 38 thủ tục hành chính.
Lĩnh vực quản lý nợ và kinh tế đối ngoại: 30 thủ tục hành chính.
Lĩnh vực kế toán, kiểm toán: 28 thủ tục hành chính.
Lĩnh vực phát triển doanh nghiệp nhà nước: 27 thủ tục hành chính.
Lĩnh vực bảo hiểm xã hội: 25 thủ tục hành chính.
Lĩnh vực quản lý đấu thầu: 16 thủ tục hành chính.

…

[Tải về danh mục mã thủ tục hành chính về thuế tại đây]

Theo quy định trên, đối với lĩnh vực thuế sẽ có 219 thủ tục hành chính thuộc phạm vi chức năng quản lý của Bộ Tài chính, trong đó có mã thủ tục hành chính 1008327.

Đồng thời tại Danh mục mã thủ tục hành chính về thuế và Hệ thống thông tin giải quyết thủ tục hành chính của Cục thuế, thì mã thủ tục hành chính khai bổ sung hồ sơ khai thuế là: 1008327.

Do đó, người nộp thuế tiến hành khai bổ sung hồ sơ khai thuế theo mã thủ tục 1008327.

Khai bổ sung thuế GTGT trước khi thanh tra thuế thì có bị phạt không?

Căn cứ tại khoản 3 Điều 9 Nghị định 125/2020/NĐ-CP có quy định như sau:

Những trường hợp không xử phạt vi phạm hành chính về thuế, hóa đơn

…

Không xử phạt vi phạm hành chính về thuế, không tính tiền chậm nộp tiền thuế đối với người nộp thuế vi phạm hành chính về thuế do thực hiện theo văn bản hướng dẫn, quyết định xử lý của cơ quan thuế, cơ quan nhà nước có thẩm quyền liên quan đến nội dung xác định nghĩa vụ thuế của người nộp thuế (kể cả các văn bản hướng dẫn, quyết định xử lý được ban hành trước ngày Nghị định này có hiệu lực), trừ trường hợp thanh tra, kiểm tra thuế tại trụ sở người nộp thuế chưa phát hiện sai sót của người nộp thuế trong việc khai, xác định số tiền thuế phải nộp hoặc số tiền thuế được miễn, giảm, hoàn nhưng sau đó hành vi vi phạm hành chính về thuế của người nộp thuế bị phát hiện.
Không xử phạt vi phạm hành chính về thuế đối với trường hợp khai sai, người nộp thuế đã khai bổ sung hồ sơ khai thuế và đã tự giác nộp đủ số tiền thuế phải nộp trước thời điểm cơ quan thuế công bố quyết định kiểm tra thuế, thanh tra thuế tại trụ sở người nộp thuế hoặc trước thời điểm cơ quan thuế phát hiện không qua thanh tra, kiểm tra thuế tại trụ sở của người nộp thuế hoặc trước khi cơ quan có thẩm quyền khác phát hiện.
Không xử phạt hành vi vi phạm thủ tục thuế đối với cá nhân trực tiếp quyết toán thuế thu nhập cá nhân chậm nộp hồ sơ quyết toán thuế thu nhập cá nhân mà có phát sinh số tiền thuế được hoàn; hộ kinh doanh, cá nhân kinh doanh đã bị ấn định thuế theo quy định tại Điều 51 Luật Quản lý thuế.
Không xử phạt hành vi vi phạm về thời hạn nộp hồ sơ khai thuế trong thời gian người nộp thuế được gia hạn nộp hồ sơ khai thuế đó.

Theo quy định trên, khi khai thuế GTGT sai mà người nộp thuế đã khai bổ sung hồ sơ khai thuế GTGT và đã nộp đủ số tiền thuế phải nộp trước thời điểm cơ quan thuế công bố quyết định kiểm tra thuế, thanh tra thuế tại trụ sở người nộp thuế hoặc trước thời điểm cơ quan thuế phát hiện không qua thanh tra, kiểm tra thuế hoặc trước khi cơ quan có thẩm quyền khác phát hiện thì sẽ không bị xử phạt.

3. Kết luận

Khai bổ sung thuế GTGT đầu vào là nghiệp vụ đòi hỏi sự chính xác và đối chiếu chặt chẽ giữa hóa đơn – sổ sách – dữ liệu kê khai. Hầu hết sai sót phát sinh từ việc doanh nghiệp quản lý hóa đơn thủ công, dữ liệu phân tán hoặc thiếu quy trình kiểm soát trước khi lập tờ khai. Khi sai sót không được phát hiện kịp thời, doanh nghiệp có thể phải điều chỉnh nhiều kỳ liên tiếp, nộp bổ sung hoặc chịu rủi ro trong quá trình thanh tra thuế.

Giải pháp quản trị tài chính doanh nghiệp ASOFT-ERP giúp doanh nghiệp quản lý hóa đơn đầu vào – đầu ra một cách tập trung, tự động đối chiếu dữ liệu với sổ kế toán và cảnh báo sai lệch ngay từ đầu. Hệ thống còn hỗ trợ lập tờ khai GTGT chính xác, giảm nguy cơ sai sót và tối ưu thời gian cho kế toán khi cần khai bổ sung. Nhờ vận hành trên nền tảng tự động và minh bạch, doanh nghiệp có thể yên tâm hơn trong công tác kê khai – quyết toán thuế theo quy định 2025.