Thành lập công ty là bước khởi đầu quan trọng, nhưng để vận hành hợp pháp và hiệu quả, doanh nghiệp cần thực hiện hàng loạt công việc liên quan đến kế toán, thuế, lao động và bảo hiểm. Nếu không nắm rõ quy định, công ty mới có thể bị phạt hành chính, mất quyền khấu trừ thuế hoặc thậm chí bị khóa mã số thuế.
Bài viết này sẽ cung cấp hướng dẫn chi tiết, cập nhật theo quy định mới nhất năm 2025, giúp doanh nghiệp mới thành lập biết rõ cần làm gì ngay từ đầu.
1. Chuẩn bị hồ sơ và điều kiện ban đầu
Ngay sau khi thành lập, doanh nghiệp cần đảm bảo đã có giấy phép kinh doanh, con dấu, tài khoản ngân hàng và chữ ký số điện tử. Đây là bốn yếu tố bắt buộc để thực hiện các nghĩa vụ kế toán – thuế.
Lưu ý quan trọng từ ngày 01/07/2025:
Hóa đơn từ 5 triệu đồng trở lên phải thanh toán qua ngân hàng mới được khấu trừ thuế GTGT.
Hóa đơn từ 20 triệu đồng trở lên phải thanh toán qua ngân hàng mới được tính vào chi phí hợp lệ khi quyết toán thuế TNDN.
Do đó, việc mở tài khoản ngân hàng và mua chữ ký số càng sớm càng tốt.
2. Kê khai và nộp lệ phí môn bài
Theo quy định, lệ phí môn bài dựa vào vốn điều lệ hoặc vốn đầu tư:

Thời hạn nộp hồ sơ khai và tiền lệ phí là ngày 30/01 hằng năm.
Điểm mới quan trọng: theo Nghị quyết 198/2025/QH15 có hiệu lực từ 17/5/2025, doanh nghiệp mới thành lập được miễn lệ phí môn bài trong năm đầu tiên và từ ngày 01/01/2026 sẽ chính thức bỏ lệ phí môn bài. Như vậy, doanh nghiệp thành lập từ năm 2025 trở đi sẽ không phải đóng khoản phí này.
3. Kê khai thuế GTGT, TNCN và TNDN
Doanh nghiệp cần nắm rõ nghĩa vụ thuế ngay từ đầu:
Thuế GTGT: Có hai phương pháp là khấu trừ và trực tiếp. Doanh nghiệp mới được lựa chọn kê khai theo quý. Nếu chọn phương pháp khấu trừ phải nộp mẫu 01/GTGT, nếu chọn trực tiếp phải nộp mẫu 04/GTGT. Dù không phát sinh vẫn phải nộp tờ khai.
Thuế TNCN: Nếu doanh nghiệp kê khai GTGT theo quý thì cũng có thể kê khai TNCN theo quý.
Thuế TNDN: Doanh nghiệp không cần nộp tờ khai tạm tính hàng quý, nhưng phải tạm nộp số thuế dựa trên kết quả kinh doanh. Hạn nộp là ngày 30 của tháng đầu quý sau. Tổng số thuế TNDN đã nộp trong ba quý đầu không được thấp hơn 80% số phải nộp theo quyết toán năm.
4. Đăng ký và sử dụng hóa đơn điện tử
Loại hóa đơn doanh nghiệp sử dụng phụ thuộc vào phương pháp kê khai thuế GTGT:
Phương pháp khấu trừ: sử dụng hóa đơn GTGT.
Phương pháp trực tiếp: sử dụng hóa đơn bán hàng.
Từ năm 2025, tất cả doanh nghiệp bắt buộc phải dùng hóa đơn điện tử. Trước khi sử dụng, cần đăng ký phát hành với cơ quan thuế.
5. Lựa chọn chế độ kế toán
Doanh nghiệp cần lựa chọn chế độ kế toán phù hợp với quy mô:
Thông tư 200/2014/TT-BTC: áp dụng cho doanh nghiệp lớn.
Thông tư 133/2016/TT-BTC: áp dụng cho doanh nghiệp vừa và nhỏ.
Thông tư 132/2018/TT-BTC: áp dụng cho doanh nghiệp siêu nhỏ.
Ví dụ: doanh nghiệp vừa và nhỏ có thể chọn Thông tư 133 hoặc 200, trong khi doanh nghiệp lớn chỉ được phép áp dụng Thông tư 200.
6. Đăng ký phương pháp khấu hao tài sản cố định
Doanh nghiệp phải thông báo phương pháp khấu hao với cơ quan thuế trước khi áp dụng. Các phương pháp phổ biến gồm:
Khấu hao theo đường thẳng (Lựa chọn thường được sử dụng)
Khấu hao theo số dư giảm dần có điều chỉnh
Khấu hao theo số lượng, khối lượng sản phẩm
Thông tư 45/2013/TT-BTC quy định rõ: việc đăng ký phương pháp khấu hao phải được thực hiện trước khi bắt đầu trích khấu hao.
7. Công việc liên quan đến lao động và bảo hiểm xã hội
Doanh nghiệp có lao động cần tuân thủ các quy định sau:
Báo cáo tình hình sử dụng lao động định kỳ 6 tháng và hàng năm cho Phòng Lao động – Thương binh và Xã hội.
Lập sổ quản lý lao động trong vòng 30 ngày kể từ khi bắt đầu hoạt động.
Xây dựng thang bảng lương và lưu tại doanh nghiệp.
Đăng ký tham gia BHXH bắt buộc khi ký hợp đồng từ 1 tháng trở lên. Thời hạn tham gia là 30 ngày kể từ khi phát sinh đối tượng.
Sau khi tham gia BHXH, doanh nghiệp phải nộp kinh phí công đoàn bằng 2% quỹ lương đóng BHXH.
8. Bố trí hoặc thuê kế toán – Giải pháp quản trị tài chính lâu dài
Ngay từ những ngày đầu hoạt động, công ty cần có người phụ trách kế toán để đảm bảo tính hợp pháp và minh bạch của sổ sách. Doanh nghiệp có thể lựa chọn tuyển dụng kế toán nội bộ hoặc thuê dịch vụ kế toán ngoài. Với doanh nghiệp nhỏ, dịch vụ kế toán trọn gói giúp tiết kiệm chi phí và vẫn đảm bảo tuân thủ đúng quy định.
Tuy nhiên, để đi đường dài, chỉ dựa vào con người hoặc dịch vụ thuê ngoài thường tiềm ẩn nhiều hạn chế: dữ liệu phân tán, khó kiểm soát chi phí, báo cáo chậm, thiếu tính minh bạch cho lãnh đạo. Đó là lý do nhiều doanh nghiệp mới đã chủ động triển khai phần mềm kế toán – tài chính ngay từ giai đoạn đầu.
Nếu bạn đang là doanh nghiệp mới thành lập, việc ứng dụng ASOFT-T không chỉ giúp giảm gánh nặng thủ tục, mà còn tạo nền tảng quản trị minh bạch, tiết kiệm chi phí và sẵn sàng mở rộng trong tương lai.
Xem chi tiết về giải pháp ASOFT-T – Phần mềm kế toán tài chính để bắt đầu chuẩn hóa ngay từ bước đầu.
Kết luận
Công ty mới thành lập năm 2025 cần chuẩn bị và thực hiện hàng loạt công việc quan trọng liên quan đến thuế, kế toán và lao động. Việc nắm rõ quy trình này không chỉ giúp doanh nghiệp tuân thủ pháp luật, mà còn tạo nền tảng vận hành minh bạch, tiết kiệm chi phí và tránh rủi ro trong tương lai.
Nếu bạn muốn tìm hiểu thêm về cách ứng dụng phần mềm quản trị kế toán – ERP để hỗ trợ ngay từ giai đoạn đầu, có thể tham khảo thêm tại: Giải pháp ASOFT-ERP.

