Hướng dẫn hoàn thuế GTGT đối với hàng hóa, dịch vụ xuất khẩu - ASOFT-ERP

Hoàn thuế GTGT đối với hàng hóa, dịch vụ xuất khẩu là chính sách quan trọng giúp doanh nghiệp cải thiện dòng tiền và giảm chi phí trong hoạt động xuất nhập khẩu. Tuy nhiên, quy trình hoàn thuế yêu cầu doanh nghiệp phải đáp ứng đầy đủ điều kiện về hóa đơn, chứng từ, tờ khai hải quan và thanh toán qua ngân hàng theo đúng quy định hiện hành.

Bài viết này hướng dẫn chi tiết cách chuẩn bị hồ sơ, cách lập tờ khai và quy trình nộp hoàn thuế GTGT cho hàng hóa – dịch vụ xuất khẩu, giúp doanh nghiệp thực hiện đúng thủ tục và hạn chế tối đa rủi ro bị trả hồ sơ.

1. Hướng dẫn hoàn thuế GTGT đối với hàng hóa, dịch vụ xuất khẩu từ 03/9/2025

Dưới là hướng dẫn hoàn thuế GTGT đối với hàng hóa, dịch vụ xuất khẩu từ 03/9/2025 theo quy định tại STT 85 Phụ lục II ban hành kèm theo Quyết định 3078/QĐ-BTC năm 2025:

1.1. Trình tự thực hiện

Bước 1. Người nộp thuế (NNT) thuộc trường hợp và đối tượng được hoàn thuế GTGT đối với hàng hóa, dịch vụ xuất khẩu chuẩn bị hồ sơ đề nghị hoàn và gửi đến cơ quan thuế.

Trường hợp NNT gửi hồ sơ qua giao dịch điện tử: NNT truy cập vào Cổng thông tin điện tử mà người nộp thuế lựa chọn (Cổng thông tin điện tử của Cục Thuế/Cổng thông tin điện tử của cơ quan nhà nước có thẩm quyền bao gồm: Cổng dịch vụ công quốc gia, Cổng dịch vụ công cấp Bộ, cấp tỉnh theo quy định về thực hiện cơ chế một cửa, một cửa liên thông trong giải quyết thủ tục hành chính và đã được kết nối với Cổng thông tin điện tử của Cục Thuế (sau đây gọi là Cổng thông tin điện tử của cơ quan nhà nước có thẩm quyền)/Cổng thông tin của tổ chức cung cấp dịch vụ T-VAN) để khai hồ sơ khai thuế và các phụ lục đính kèm theo quy định dưới dạng điện tử (nếu có), ký điện tử và gửi đến cơ quan thuế qua Cổng thông tin điện tử mà NNT lựa chọn.

Bước 2. Cơ quan thuế tiếp nhận:

– Trường hợp hồ sơ được nộp trực tiếp tại cơ quan thuế:

+ Tiếp nhận hồ sơ: Công chức thuế tiếp nhận hồ sơ và gửi Thông báo về việc tiếp nhận hồ sơ cho NNT và ghi sổ nhận hồ sơ trên hệ thống ứng dụng quản lý thuế.

+ Kiểm tra, giải quyết hồ sơ:

++ Hồ sơ được chấp nhận/ không chấp nhận: Cơ quan thuế gửi Thông báo chấp nhận/ không chấp nhận hồ sơ đề nghị hoàn thuế trong thời hạn 03 ngày làm việc kể từ ngày tiếp nhận hồ sơ đề nghị hoàn thuế.

++ Hồ sơ được chấp nhận giải quyết: Cơ quan thuế giải quyết hồ sơ đề nghị hoàn thuế của NNT và trả kết quả.

– Trường hợp hồ sơ được gửi qua đường bưu chính:

+ Tiếp nhận hồ sơ: Công chức thuế đóng dấu tiếp nhận, ghi ngày nhận hồ sơ và ghi sổ hồ sơ trên hệ thống ứng dụng quản lý thuế.

+ Kiểm tra, giải quyết hồ sơ:

++ Hồ sơ không đúng thủ tục: Cơ quan thuế gửi Thông báo về việc hồ sơ không đúng thủ tục trong thời hạn 03 ngày làm việc kể từ ngày tiếp nhận hồ sơ đề nghị hoàn thuế.

++ Hồ sơ được chấp nhận giải quyết: Cơ quan thuế giải quyết hồ sơ đề nghị hoàn thuế của NNT và trả kết quả.

– Trường hợp hồ sơ được nộp thông qua giao dịch điện tử: việc tiếp nhận, kiểm tra, chấp nhận hồ sơ đề nghị hoàn thuế do cơ quan thuế thực hiện thông qua hệ thống xử lý dữ liệu điện tử

+ Tiếp nhận hồ sơ: Cổng thông tin điện tử của Cục thuế gửi thông báo tiếp nhận việc NNT đã nộp hồ sơ đề nghị hoàn thuế cho NNT qua Cổng thông tin điện tử mà NNT lựa chọn lập và gửi hồ sơ chậm nhất 15 phút kể từ khi nhận được hồ sơ đề nghị hoàn thuế cả NNT

+ Kiểm tra, giải quyết hồ sơ:

++ Hồ sơ được chấp nhận/không chấp nhận: Cơ quan thuế gửi thông báo chấp nhận/không chấp nhận hồ sơ trong thời hạn 03 ngày làm việc kể từ ngày thông báo tiếp nhận hồ sơ hoàn thuế điện tử qua Cổng thông tin điện tử mà NNT lựa chọn lập và gửi hồ sơ.

+ Hồ sơ được chấp nhận giải quyết: Cơ quan thuế giải quyết hồ sơ đề nghị hoàn thuế của NNT và trả kết quả.

1.2. Cách thức thực hiện

– Nộp trực tiếp tại cơ quan thuế;

– Hoặc gửi hồ sơ qua đường bưu chính;

– Hoặc bằng phương thức điện tử qua giao dịch điện tử (Cổng thông tin điện tử của Cục Thuế/Cổng thông tin điện tử của cơ quan nhà nước có thẩm quyền hoặc tổ chức cung cấp dịch vụ T-VAN).

1.3. Thành phần, số lượng hồ sơ

– Thành phần hồ sơ:

+ Giấy đề nghị hoàn trả khoản thu NSNN theo mẫu số 01/HT quy định tại Phụ lục I ban hành kèm theo Thông tư 80/2021/TT-BTC (được sửa đổi, bổ sung bởi Thông tư 40/2025/TT-BTC)

+ Danh sách tờ khai hải quan đã thông quan mẫu số 01-2/HT quy định tại Phụ lục I ban hành kèm theo Thông tư 80/2021/TT-BTC

+ Bảng kê hoá đơn, chứng từ hàng hóa, dịch vụ mua vào mẫu số 01-1/HT (chỉ sử dụng khi NNT chưa gửi hóa đơn điện tử đến cơ quan thuế) quy định tại Phụ lục I ban hành kèm theo Thông tư 80/2021/TT-BTC

– Số lượng hồ sơ: 01 bộ

1.4. Thời hạn giải quyết

Cơ quan thuế giải quyết và trả kết quả theo thời hạn sau:

– Đối với hồ sơ thuộc diện hoàn thuế trước chậm nhất là 06 ngày làm việc kể từ ngày cơ quan quản lý thuế có thông báo bằng văn bản về việc chấp nhận hồ sơ.

– Đối với hồ sơ thuộc diện kiểm tra trước hoàn thuế chậm nhất là 40 ngày kể từ ngày cơ quan quản lý thuế có thông báo bằng văn bản về việc chấp nhận hồ sơ

1.5. Cơ quan giải quyết

Thuế tỉnh, thành phố

>> Xem thêm: Cách tính thuế thu nhập cá nhân theo mức giảm trừ gia cảnh mới năm 2026

>> Xem thêm: Hướng dẫn về lập chứng từ khấu trừ thuế TNCN 2025

2. 08 hành vi bị nghiêm cấm trong khấu trừ thuế, hoàn thuế GTGT

Hành vi bị nghiêm cấm trong khấu trừ thuế, hoàn thuế GTGT được quy định tại Điều 13 Luật Thuế giá trị gia tăng 2024 như sau:

Điều 13. Các hành vi bị nghiêm cấm trong khấu trừ, hoàn thuế

Mua, cho, bán, tổ chức quảng cáo, môi giới mua, bán hóa đơn.
Tạo lập giao dịch mua, bán hàng hóa, cung cấp dịch vụ không có thật hoặc giao dịch không đúng quy định của pháp luật.
Lập hóa đơn bán hàng hóa, cung cấp dịch vụ trong thời gian tạm ngừng hoạt động kinh doanh, trừ trường hợp lập hóa đơn giao cho khách hàng để thực hiện các hợp đồng đã ký trước ngày thông báo tạm ngừng kinh doanh.
Sử dụng hóa đơn, chứng từ không hợp pháp, sử dụng không hợp pháp hóa đơn, chứng từ theo quy định của Chính phủ.
Không chuyển dữ liệu hóa đơn điện tử về cơ quan thuế theo quy định.
Làm sai lệch, sử dụng sai mục đích, truy cập trái phép, phá hủy hệ thống thông tin về hóa đơn, chứng từ.
Đưa, nhận, môi giới hối lộ hoặc thực hiện các hành vi khác liên quan đến hóa đơn, chứng từ để được khấu trừ thuế, hoàn thuế, chiếm đoạt tiền thuế, trốn thuế giá trị gia tăng.
Thông đồng, bao che; móc nối giữa công chức quản lý thuế, cơ quan quản lý thuế và cơ sở kinh doanh, người nhập khẩu, giữa các cơ sở kinh doanh, người nhập khẩu trong việc sử dụng hóa đơn, chứng từ không hợp pháp, sử dụng không hợp pháp hóa đơn, chứng từ để được khấu trừ thuế, hoàn thuế, chiếm đoạt tiền thuế, trốn thuế giá trị gia tăng.

3. Kết luận

Thủ tục hoàn thuế GTGT cho hoạt động xuất khẩu vốn đòi hỏi tính chính xác, đầy đủ và nhất quán của toàn bộ hệ thống chứng từ, từ hóa đơn điện tử, hợp đồng ngoại thương đến tờ khai hải quan và chứng từ thanh toán. Doanh nghiệp chỉ cần sai lệch nhỏ ở một khâu là có thể bị kéo dài thời gian xử lý hoặc bị từ chối hoàn thuế.

Giải pháp quản trị tài chính doanh nghiệp ASOFT-ERP giúp doanh nghiệp tự động hóa việc đối chiếu dữ liệu hóa đơn – chứng từ – nhập xuất kho, quản lý chứng từ thanh toán, lưu trữ hồ sơ điện tử theo chuẩn và chuẩn bị bộ hồ sơ hoàn thuế nhanh chóng, chính xác. Nhờ hệ thống quản trị đồng bộ, doanh nghiệp có thể giảm đáng kể rủi ro sai sót và nâng cao khả năng được hoàn thuế đúng hạn.